Induk jantan betina nila merah dapat dibedakan dengan mudah. Caranya dengan melihat bentuk tubuh, warna dan alat kelaminnya. Nila jantan bertubuh lebih pendek atau agak membulat, warna tubuh agak cerah dan memiliki sebuah alat kelamin yang memanjang. Alat itu digunakan sebagai tempat untuk mengeluarkan sperma dan air kencing.
Sedangkan betina bertubuh agak panjang, berwarna agak kusam dan memiliki dua alat kelamin yang membulat. Satu lubang sebagai tempat keluarnya telur dan satu lagi sebagai tempat keluarnya telur. Kedua jenis kelamin itu dapat dibedakan dengan mudah sejak benih ukuran 10 – 12 cm. perbedaan itu akan nampak setelah dewasa.
Namun dapat membedakan antara induk jantan dan betina tersebut, tidaklah cukup bagi seorang pembudidaya, karena tidak semua calon induk baik untuk dijadikan induk. Banyak calon induk yang sepintas lalu terlihat baik, tetapi kenyataannya terjadi sebaliknya. Keadaan itu sangat merugikan pembudidaya, hasil panen yang didapat tidak memuaskan. Karena itu induk-induk harus berkualitas baik. tanda induk yang baik dapat diketahui dari umur, bentuk tubuh dan asal usulnya.