Puluhan milyar uang melayang, tanpa mungkin ada yang mengganti. Namun masalah itu, bukan kesalah manusia, faktor alam yang dominan menjadi penyebabnya. Sampai saat ini, belum ada cara yang pratis, dan murah untuk mengatasi KHV. Para ahli perikanan tak bisa berbuat apa-apa, hanya bisa bicara, tanpa bisa menanggulanginya. Sungguh tragis kejadian ini. Hanya menunggu keajaiban saja bila suatu saat KHV bisa diberantas.
Masalah lain yang juga cukup mengkhawatirkan, dan sudah lama terjadi adalah adanya penurunan kualitas genetik pada ikan mas. Akibat penurunan kualitas genetik, pertumbuhan ikan mas semakin lambat dari waktu ke waktu. Selain itu, ikan mas menjadi tidak tahan terhadap perubahan lingkungan, dan serangan penyakit. Ini juga sangat merugikan petani, karena biaya produksi semakin tinggi.
Penurunan kualitas genetik pada ikan mas lebih disebabkan karena kecerobohan manusia, yaitu karena salah dalam penggunaan dan pengelolaan induk (broodfish). Banyak sekali pembudidaya (culturis) yang belum mengerti tentang pentingnya ilmu genetik. Kesalahan yang dilakukan adalah dengan menggunakan induk sembarangan, yaitu dengan mengawinkan induk jantan dan betina dalam satu keturunan.
Perkawinan dalam satu keturunan dapat mengakibatkan penurunan kualitas genetik, karena telah terjadi perkawinan sedarah, atau lebih dikenal dengan istilah inbreeding. Kesalahan ini masih dapat ditanggulangi dengan mensosialisikan ilmu genetik kepada para pembudidaya. Inilah tugas dari para ahli perikanan, balai-balai penelitian perikanan dan instansi terkait lainnya.
Pertama, tidak mengawinkan induk jantan dan betina dalam satu keturunan. Caranya, seorang pembudidaya harus memiliki minimal dua kelompok induk yang asal-usulnya berbeda, beda tempat, yaitu kelompok A dan kelompok B. Kelompok A dikawinkan dan dipelihara dalam kolam A, sedangkan kelompok B dikawinkan dalam kolam B. Masing-masing kelompok kolam akan menghasilkan masing induk jantan dan betina dari kedua kolam itu.
Kedua, mengawinkan induk jantan atau betina dengan induk jantan atau betina dari lokasi yang berbeda, misalnya antar kabupaten A dengan kabupaten B atau antar propinsi A dengan propinsi B. Cara ini lebih baik dari cara pertama, karena pertalian darah antara ikan dalam satu lokasi dengan lokasi lain kemungkinan lebih jauh.
Ketiga, mengawinkan anak dengan induk asalnya. Misalnya mengawinkan jantan dengan betina induk asalnya, anak dengan ibunya, atau mengawinkan betina dengan jantan induk asalnya, anak dengan bapaknya. Perkawinan itu dikenal dengan istilah backcross. Itulah cara yang paling baik. Karena induk asal masih memiliki genetik yang lebih baik, atau masih utuh atau masih lebih unggul dari anaknya. Backcroos akan menurunkan genetik yang lebih baik dari cara pertama dan kedua.