Seleksi induk ikan baung adalah kegiatan memilih atau memisahkan antara induk-induk yang sudah matang gonad dengan yang belum. Kegiatan ini dilakukan setelah pematangan gonad dan sebelum pemijahan. Pemilihan ini bisa dilakukan bila induk diperkirakan sudah ada yang matang. Atau bisa juga dilakukan sesuai dengan kebutuha. Tentu saja cara ini dilakukan bila jumlah induknya banyal.
Sebelum seleksi, kolam dikeringkan setinggi 5 cm. Induk ditangkap satu persatu, lalu dilihat kematangan gonadnya. Induk yang matang gonad ditampung dalam ember besar, sedangkan induk yang belum matang gonad dikembalikan lagi ke kolam pemeliharaan induk untuk selanjutnya dipelihara kemabli sampai matang gonad.
Tanda-tanda induk ikan baung yang sudah matang atau siap memijah dapat dilihat dari keadaan perut, lubang kelamin dan gerakannya. Induk betina yang siap memijah ditandai dengan perutnya yang gendut, lubang telur membengkak, berwarna kemerahan dan gerakannya yang lamban. Sedangkan induk jantan yang matang kelamin ditandai dengan warna tubuh agak cerah, berperut tipis, alat kelamin membengkak, berwarna kemerahan dengan garis jelas serta gerakannya lincah.
Selain ciri-ciri diatas, induk ikan baung yang akan dipijahkan harus sehat dan tidak luka. Induk yang sakit atau terluka dapat menghambat proses pemijahan. Kadang-kadang induk-induk itu tidak memijah. Karena itu seleksi ini harus dilakukan dengan hati-hati dan tidak sembarangan. Untuk menjaga agar tidak menular kepada induk-induk yang lain, maka Induk-induk yang sakit atau luka harus dipisahkan.
Satu hal lagi yang diperhatikan dalam seleksi. Jumlah induk jantan yang ditangkap harus lebih banyak dari yang dibutuhkan. Karena meskipun tanda-tanda induk-induk sudah jelas, tetapi seringkali penglihatan mata sering keliru. Terkadang induk jantan yang dianggap sudah matang kelamin malah tidak matang. Atau bisa juga kelebihan jantan yang ditangkap digunakan sebagai cadangan. Induk yang sudah matang gonad ditampung dalam bak pemberokan.